Cấp học bổng cho trẻ em có hoàn cảnh khó khăn là một trong những cam kết lớn nhất của Thiện Chí. Giáo dục thường là con đường duy nhất giúp các gia đình nghèo thoát khỏi cảnh đói nghèo, tuy nhiên học phí lại là gánh nặng đối với những hộ vốn đã chật vật lo bữa ăn hằng ngày. Cấp học càng cao thì học phí càng tăng, vì vậy nhiều em phải nghỉ học sau lớp 9 để phụ giúp cha mẹ kiếm sống. Khi các em lớn hơn, khỏe mạnh hơn và có khả năng lao động, việc tiếp tục đi học lại càng khó khăn.
Hằng năm, với sự phối hợp chặt chẽ cùng chính quyền địa phương, cộng tác viên thôn và nhà trường, Thiện Chí cấp học bổng cho hơn 1.500 học sinh tại 135 trường. Vào tháng 5, trung tâm nhận được danh sách khoảng 200 em học sinh có nhu cầu, do trường và chính quyền lập. Trong những tháng tiếp theo, nhân viên Thiện Chí đến thăm từng gia đình để đánh giá hoàn cảnh và quyết định em nào sẽ được hỗ trợ. Nếu nhận thấy có trường hợp khác cần thiết hơn, Thiện Chí có thể yêu cầu điều chỉnh danh sách.
Mỗi gia đình chỉ được nhận một suất học bổng, nhưng chính quyền có thể hỗ trợ thêm cho các em khác. Phụ huynh phải cam kết cho con đi học đầy đủ, nếu nhà trường báo cáo tình trạng vắng học thường xuyên, Thiện Chí sẽ dừng hỗ trợ. Để đảm bảo tiền học bổng được sử dụng đúng mục đích, Thiện Chí hoàn trả học phí sau khi gia đình đã đóng. Nhà trường biết rõ cơ chế này, nên học sinh vẫn được đi học ngay cả khi gia đình chưa thể nộp tiền trước.
Danh sách học sinh nghèo do các trường gửi lên thường chiếm 20–30% tổng số học sinh. Thiện Chí sau đó sẽ chọn ra những gia đình khó khăn nhất, nên không phải học sinh nào được nhận học bổng năm nay cũng chắc chắn có vào năm sau nếu có gia đình khác cần hơn. Chính quyền địa phương cũng tích cực tham gia để bảo đảm trẻ em được tiếp cận giáo dục.
Học bổng mang lại sự nhẹ nhõm lớn cho các gia đình và đóng vai trò quan trọng trong sự phát triển của trẻ. Đi học mỗi ngày giúp các em bận rộn, tiếp thu nhiều kiến thức mới và mở rộng tầm nhìn vượt ra ngoài công việc lao động hằng ngày. Trẻ em có cơ hội mơ về một tương lai tốt đẹp hơn, nơi các em được làm công việc mình yêu thích và thoát nghèo. Giá trị xã hội của việc đến trường cũng rất lớn: trẻ được rèn luyện kỷ luật, biết tôn trọng và cư xử tử tế, đồng thời xây dựng tình bạn. Những em không có điều kiện đi học thường quanh quẩn ở nhà, thiếu sự giao lưu xã hội. Ngược lại, một em học sinh có kết quả học tập tốt sẽ trở thành niềm tự hào của cả gia đình, giúp thay đổi bầu không khí và đem đến niềm hy vọng cho tương lai.
